Il sistema di monitoraggio dei Campi Flegrei, gestito dall’Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia – Osservatorio Vesuviano, tiene costantemente monitorati i parametri relativi alla sismicità, alle deformazioni del suolo e alle caratteristiche fisico-chimiche delle fumarole. I dati relativi al monitoraggio dell'area vulcanica dei Campi Flegrei sono trasmessi al Dipartimento e costantemente aggiornati sul sito dell'Ingv – Sezione Osservatorio Vesuviano.

Per il monitoraggio dei Campi Flegrei, sono Centri di Competenza del Dipartimento anche l'Istituto per il rilevamento elettromagnetico dell'ambiente (Irea) del Cnr-Consiglio Nazionale delle Ricerche e PLINIVS – Centro Studi per l’ingegneria idrogeologica, vulcanica e sismica dell’Università di Napoli Federico II – che svolge attività di ricerca sulla vulnerabilità degli elementi esposti ai fenomeni vulcanici.