Rapporti con le autonomie locali è il settore che promuove l'attuazione, in chiave gestionale, del decentramento amministrativo e cura, in maniera dinamica, i rapporti con il Sistema delle Autonomie Locali. In particolare:
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finanziando i piani di sviluppo delle Comunità Montane e gli interventi compresi nel Piano Integrato delle Isole dell'Arcipelago Campano;
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curando i rapporti istituzionali con gli Enti Locali al fine di incentivare l'esercizio associato di servizi comunali; svolgendo compiti di informazione, affiancamento ed assistenza agli Enti Locali, al fine di elevare la loro capacità di programmazione, progettazione, monitoraggio e valutazione degli interventi di sviluppo locale;
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fornendo supporto tecnico-operativo alla Conferenza Permanente Regione Autonomie Locali della Campania, quale organismo finalizzato a favorire l'intervento diretto degli Enti locali nella definizione delle politiche regionali;
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attuando la delega di cui all'articolo 14 del Decreto del Presidente della Repubblica n. 616 del 1977 concernente il riconoscimento della personalità giuridica privata ad associazioni, fondazioni ed istituzioni di carattere privato che operano esclusivamente nell'ambito territoriale della Regione Campania nelle materie di sua competenza (articolo 117 Costituzione).